Pestisitler genelde kullanıldıkları yerde kalmazlar. Adeta havaya uçarlar: Rüzgâr bunları yakınlardaki yerleşim alanlarına savurur, hatta bazen yüzlerce kilometre öteye taşır. Ruhsat işlemlerinde ise bunun pek bir önemi yoktur.

Çevre uzmanları nehirlerin, denizlerin, karasularının ve yeraltı sularının pestisitlerle ne kadar kirlendiğini düzenli aralıklarla kanıtlıyor. Zararlı maddeler akarsulara genellikle tarım alanlarından sızma yoluyla, yüzeysel akıntıyla ve sürüklenmeyle ulaşıyor.

Uğurböceği, tırtır sineği veya kulağakaçanlar gibi canlılar doğal zararlı savaşçısı ve etkili birer bitki koruyucusudur. Çevreye faydalıdırlar ve masraftan tasarruf ettirirler, ancak yaşam alanları pestisit kullanımı yüzünden tehdit altında bulunuyor.

Pestisit kullanımı gıdalarda kalıntılara yol açıyor ve özellikle Küresel Güney‘de birçok insan bu kalıntılara maruz kalıyor. Düzenlemelerin daha gevşek olduğu Avrupa dışındaki ülkelerde üretilen ve kalıntı içeren ürünler ithalat yoluyla AB vatandaşlarının sofralarına da ulaşıyor.

Toprakta biriken pestisitlere gereken önem verilmiyor ama bunların toprak yaşamı üzerinde yarattığı doğrudan ve dolaylı olumsuz sonuçlar bazen on yıllar boyu sürüyor.