Prof. Dr. Hakan Yılmaz, Boğaziçi Üniversitesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü’nde öğretim üyesidir. Aynı üniversitede Avrupa Çalışmaları Merkezi’nin ve Boğaziçi Üniversitesi-TÜSİAD Dış Politika Forumu’nun direktörlüğünü yapmaktadır. Prof. Dr. Yılmaz, yakın dönem Türk siyasal hayatı; Türkiye’de siyasal ve popüler kültür; Türkiye-Avrupa Birliği ilişkilerinin ve Avrupa bütünleşmesinin kültür ve kimlik boyutları; demokratikleşme sürecinin dış dinamikleri üzerinde çalışmaktadır. Prof. Dr. Yılmaz, son yıllarda önemli araştırma projeleri tasarlamış ve yürütmüştür: Türkiye'de Avrupa Şüpheciliği (2004 ve 2012); Türkiye'de Muhafazakarlık (2006 ve 2012), ve Türkiye'de Sınıfsal Profiller (2007 ve 2012). Beş AB üyesi ülkede (Almanya, Fransa, İngiltere, İspanya, Polonya) Türkiye'nin bilinirliğini, görünürlüğünü, ve AB üyeliğine karşı tutumları irdeleyen bir projeyi Aralık 2009'da; Türkiye'de ötekileştirme ve ayrımcılık süreçlerini irdeleyen bir araştırmayı 2010'da; Kürt sorunu ve Çözüm süreci üzerine bir incelemeyi 2014’te tamamlamıştır.
Boğaziçi Üniversitesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü’nde öğretim üyesi